La raccolta dei rifiuti è gestita inquasi tutta la provinca della Geofor Spa, società mista pubblico/privato (60% 24 Comuni, 40% diversi privati).
Lo smaltimento dei rifiuti urbani è garantito principalmente dalla discarica Belvede S.p.A. (60% Comune di Peccioli, 40% cittadini) in località Legoli. L’inceneritore di Ospedaletto alla periferia di Pisa (gestione Geofor Spa, proprietà Geofor Partrimonio, interamente pubblica) è stato chiuso anche a a seguito di una indagine epidemiologiva svolta dall’Istituto di Fisiologia Clinica del CNR di Pisa (dott. Fabrizio Bianchi), quando già da anni era tecnologicamente obsoleto e in forte perdita econimica

Nel tempo non somo mancate discussioni e polemiche sui temi delle modalità di gestione, raccolta e smaltimento.
Legambiente Pisa si è espressa più volte sostenendo il principio che le decisioni relative agli impianti di smaltimento dovessero essere successive alla realizzazione di tutte le misure per la riduzione e il recupero (Legambiente 2005, Legambiente 1, Legambiente 3, meno rifiuti, nessun nuovo inceneritore). Non sono mancate richieste di chiudere l’inceneritore  di Ospedaletto.

Nel settembre 2012 è stata presentata una bozza di Piano Interprovinciale dei Rifiuti di un unico ATO (Ambito Terirtoriale Ottimale) della costa toscana (Massa-Carrara, Lucc, Pisa, Livorno) con un gestore unico . La bozza non è mai stata discussa, né probabilmente lo sarà. Ora (giugno 2013) si aspettano indicazioni della Regione e ne prospettive sono nebulose. Legambiente Pisa  ha scritto comunicato per un piano senza inceneritori.
Legambiente Pisa aderisce attivamente alla raccolta delle firme per la legge di iniziativa popolare “Rifiuti Zero”.

Nella primavera del 2014 la Regione Toscana ha presentato un pPiano Regionale per Rifiuti e Bonifiche (Parte I – Obiettivi e linee intervento emendato (all A)), al quale Legambiente Pisa ha presentato delle osservazioni. Si veda anche

 

2014: mentre prima si discute e poi si approva il Piano Regionale dei Rifiuti e delle Bonifiche, la Toscana resta al palo: la raccolta differenziata non cresce  (fa meglio la Campania), il piano prevede inutili inceneritori, le provincie della costa non decidono sul gestore del ciclo dei rifiuti, …. 

Legambiente Pisa, con un comunicato del marzo 2014 fa il punto della situazione.

 Il Piano Regionale consiste in una Parte I – Obiettivi e linee intervento emendato (all A) e numerosi allegati per  un totale di circa 2500 pagine.
Legambiente Pisa presenta osservazioni riferiscono ai rifiuti solidi urbani,con alcune proposte. Vengono tutte respinte.